La préoccupation écologique est intégrée à toutes les réflexions et les projets communautaires. Pour cela, la Communauté de communes s’appuie sur l’expertise du Centre Permanent d’Initiatives pour l’Environnement (CPIE) Seignanx et Adour.

Ce partenariat, initié en 1999, permet de mener des actions sur plusieurs thématiques.

• Animation du territoire : Le CPIE anime des actions pédagogiques auprès des établissements scolaires et en direction du grand public. Un programme de ces animations est régulièrement publié.
• Protection des milieux naturels du Seignanx : Des actions de sensibilisation à la biodiversité sont menées auprès des acteurs du territoire. Une des actions pionnières est la mise en place d’un guide des éco-gestes, en partenariat avec l’Office de Tourisme du Seignanx, à destination des acteurs du tourisme
• Valorisation du patrimoine naturel  : Plusieurs itinéraires de sentiers pédestres, balisés et entretenus, peuvent être empruntés pour découvrir le Seignanx dans toute sa nature.
• Aménagement durable de l’espace: Afin de garantir des projets respectueux de l’environnement, le CPIE participe à l’élaboration des documents d’urbanisme (état initial de l’environnement, base de données faune/flore, travaux cartographiques…) et définit les zonages PLU. Le CPIE élabore aussi une charte environnementale pour les projets liés au développement économique, qui doit être approuvée par les entreprises désireuses de s’installer dans le Seignanx.